La domanda deve essere presentata allo Sportello unico per le attività produttive (SUAP) che la inoltra, in via telematica, alla Provincia (che è l'Autorità competente) e ai Soggetti competenti in materia ambientale che intervengono nei procedimenti sostituiti dall’AUA.
Trascorsi 30 giorni senza richiesta di integrazioni, la domanda si intende regolarmente presentata.
Viceversa, in presenza di una domanda incompleta, possono essere richieste integrazioni al Soggetto richiedente, una sola volta. Se il gestore non presenta le integrazioni richieste entro il termine fissato, la domanda di AUA è archiviata.
Il gestore può chiedere una proroga del termine indicato per presentare le integrazioni, in considerazione della complessità della documentazione da presentare: in tal caso, i termini del procedimento rimangono sospesi anche per il tempo della proroga.

Con il Decreto direttore centrale 25 giugno 2014 - n. 5513 , la Regione Lombardia ha approvato le specifiche tecniche per l’interoperabilità tra sistemi informativi, ai fini della presentazione delle domande di autorizzazione unica ambientale, per favorire l’interscambio della documentazione tra gli Enti coinvolti. È stato previsto un periodo transitorio di adeguamento fino al 31 ottobre 2014 per l’integrazione delle specifiche tecniche di interoperabilità nei sistemi e negli applicativi informatici in uso pres¬so le Autorità Competenti e i SUAP.
Le specifiche tecniche per l’interoperabilità sono pubblicate sul portale nazionale impresainungiorno e nella piattaforma regionale MUTA (Modello Unico Trasmissione Atti)

In ottemperanza a quanto previsto dal D.P.R. n. 160/2010, laddove sia attiva presso un SUAP una modalità telematica di compilazione guidata e di gestione delle istanze in formato standard XML, i Gestori sono tenuti all’inoltro delle stesse utilizzando esclusivamente la suddetta modalità, con l’esclusione di utilizzo della posta elettronica certificata per l’invio al SUAP.

Lo sportello SUAP mette a disposizione l’indirizzo specifico della pagina in cui è esposta la modulistica disponibile, nonché la scelta operativa adottata dal SUAP stesso e le regole da seguire per la presentazione dell’istanza.

È facoltà dei SUAP utilizzare una qualsiasi piattaforma informatica, purché sia allineata alle specifiche di interoperabilità che sono state approvate da Regione Lombardia; in base alle scelte avrà operato, lo sportello SUAP metterà a disposizione degli utenti, in alternativa:

► il ricorso alla propria piattaforma proprietaria;

► il ricorso alla piattaforma regionale MUTA (Modello Unico Trasmissione Atti);

► il ricorso all’applicativo “Scrivania degli Enti”, implementato dal Sistema delle Camere di Commercio.

Per i SUAP della provincia di Monza e Brianza che sono in regime di convenzione con la Camera di Commercio, è disponibile - all’interno del Portale impresainungiorno -  apposito applicativo camerale (cosiddetta “Scrivania degli Enti”) per la presentazione delle istanze di autorizzazione unica ambientale (AUA).
L’applicativo è disponibile, con le seguenti modalità:
nel percorso “Interventi di realizzazione e modifiche dei locali/impianti”, è presente la voce "Autorizzazione Unica Ambientale (D.P.R. 59/2013)"  che permetterà di selezionare, come previsto dalla normativa, le autorizzazioni richieste.

Il soggetto richiedente è invitato pertanto a contattare il SUAP del Comune di riferimento, per verificare le modalità di presentazione della domanda.